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RSS/FEED订阅法国巴斯德研究所对武汉冠状病毒的全基因组进行测序
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在法国首例病例之一中，使用唯一的平台（P2M）在法国巴斯德研究所（P2M）上制作的2019-nCoV冠状病毒的全基因组序列，向所有法国国家参考中心开放。 图片来源：巴斯德研究所/呼吸道感染病毒的CNR。
2020年1月24日，法国卫生部确认了首三例受武汉冠状病毒感染的患者。 2020年1月29日，负责监测法国呼吸道病毒的巴斯德研究所对冠状病毒的整个基因组进行了测序，称为“ 2019-nCoV”，成为自欧洲流感病毒爆发以来欧洲第一家对该病毒进行测序的机构。该病毒在巴斯德研究所微生物学互变平台（P2M）上进行了测序，该平台对国家参考中心和世界卫生组织合作中心接收的细菌，病毒，真菌和寄生虫菌株进行了基因组测序，目的是监测传染病。
2019年12月，中国湖北省武汉市爆发了一次病因不明的病毒性肺炎。
2020年1月9日，中国卫生当局和世界卫生组织（WHO）宣布发现了一种新型冠状病毒，称为2019-nCoV，已证实其是引起肺炎病例的病原体（见巴斯德研究所的情况说明书） （在法文的“武汉冠状病毒”页面上）。
1月11日至12日的周末，中国当局共享了冠状病毒基因组的全部序列，这是从首批患者的样本中检测到的。 巴斯德研究所呼吸病毒国家参考中心（CNR）主任Sylvie van der Werf解释说：“对病原体的基因组进行测序对于开发特定的诊断测试和确定潜在的治疗选择至关重要。”
2020年1月24日，星期五。法国已确认检测到该病毒
1月24日，星期五，清晨，巴斯德研究所收到了3例疑似病例的样本（巴黎2例，波尔多1例）。 巴斯德研究所CNR副主任西尔维·比希里尔（Sylvie Behillil）说：“使用这些患者的样本，我们检测到了新型冠状病毒。”
从2020年1月24日星期五开始。在巴斯德研究所对病毒基因组进行测序
同一个星期五晚上，科学家们启动了基于样本的病毒基因组测序过程。 CNR准备了用于排序的材料，准备让P2M在下周一立即开始工作。 测序运行于周二傍晚完成，科学家利用数据分析获得了法国前三例确诊病例中的两个的完整基因组序列。 Vincent Enouf继续说道：“这证明了CNR基于病毒测序的分析过程的功效。”
2020年1月30日，星期四。巴斯德研究所获取并共享病毒的整个序列
P2M平台目前表现非常出色； 产生序列所需的平均时间从三天（紧急情况）到最多十天。 在这种情况下，只需三天即可确定整个序列：“我们在星期二至星期三的夜晚进行了数据分析，然后在周三进行了反分析来证实结果，”文森特·埃努夫（Vincent Enouf）解释说。 “整个序列在短短三天内就得到确认。”
我们可以从中学到什么？ “在我们所有的样品中，这些序列都是相同的。这对夫妇中的一个必须污染了另一个，因为病毒是相同的。” 在最初的两个法国病例中分离出的两个完整病毒序列已提交给全球共享所有流感数据倡议（GISAID）平台，该平台最初是为了共享序列和监测流感病毒的遗传进化而开发的。 这对于确定流感疫苗【小编推荐:显微镜学家发表对四家疫苗公司的成分分析】的组成至关重要。 已经创建了一个特殊的“冠状病毒”标签，以便科学界可以共同努力并以更快的速度前进。
“全世界已经获得了新的冠状病毒基因组的其他二十多个序列，如果将它们与我们的序列进行比较，我们可以看到它们都非常接近；分析的病毒没有太多多样性” Vincent Enouf继续说道。
P2M也可用于外部CNR进行测序。 在2019年，它与巴斯德研究所以外的四家CNR合作。 该平台对细菌，病毒，寄生虫和真菌进行测序。 得益于过去五年（自2015年以来）积累的经验，P2M如今提供了高效的服务，其首次通过成功率（即提供有关整个基因组的全面信息的高质量序列）已超过95个。序列制作最多需要三天（紧急情况）到十天。
在2019年，P2M对约25,000个病原体进行了测序。 基因组测序增加了暴发检测的敏感性阈值。 巴斯德研究所的科学家及早发现疫情（由同一病原体在短时间内聚集的病例）使流行病学家能够立即开展工作以确定疫情的起源，并与当局协调公共卫生应对工作。
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来源：巴黎动态
