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武汉肺炎病毒=基因重组的共军蝙蝠病毒?

2020年01月31日 7:11 PDF版 分享转发


2019新型冠状和SARS一样,对人体的亲和力很强。图为北京军事医学科学院和中科院1月21日发表的该病毒刺突蛋白(S蛋白)与人ACE2结合的预测模型。(图:中科院《中国科学:生命科学》期刊)

特约记者周行 | 美丽日报01/29/20

2019新型冠状病毒给全世界带来空前的公共健康危机,中共官方公布的全国确诊和死亡人数也陡然上升。本月18日路德社首次爆料,指中共直接把SARS病毒的刺突蛋白重组给军方的病毒,使获得入侵人体的通行证;随后「」连发报导,其中包括一份「证据摘要」(中译文附后)。

中共官方专家锺南山20日首次公开承认病毒人传人,此后官方宣传着力于「华南海鲜市场」,然而,32公里外的武汉P4实验室已无可避免地处于舆论的漩涡。它是新型冠状病毒的真正源头吗?如果回答是肯定的,这是泄露事故,还是生物战?海外病毒学家的研究解读还在深入。

路德@ding_gang
2019年9月19日,就知道会出现新型冠状病毒是强传染!为什么?

图像

在郭媒体之外,、希腊的专家近日相继公布基因比对的发现。希腊研究指,新病毒序列中有一部分与已知的所有冠状病毒「不协调」。美国哈佛大学资深流行病专家费格丁(Eric Feigl-Ding)博士日前说,「海鲜市场不是故事的全部」;同时强调,「新型病毒变异性高,控制难度很大。」

郭媒体:新型冠状病毒是实验室重组的军方蝙蝠病毒

1. 新型冠状病毒v.s.军方舟山蝙蝠病毒,「包膜蛋白」序列100%一致,自然演化几乎不可能。

爆料革命发起人的郭媒体25日发表的「证据摘要」指,以南京军区军事医学研究所为主的学者于20172019年间先后发表中英文论文,宣布在舟山蝙蝠身上发现2019新型冠状病毒——舟山蝙蝠类SARS冠状病毒(下简称舟山蝙蝠病毒;该病毒属南京军方,又称南京病毒)。

中国疾病防控中心(CDC)本月三次向美国国立卫生院(NIH)上传2019新型冠状病毒的基因组测序,前两次数据均有错误。病毒专家对中共12日第三次提交的基因组序列进行基因比对(BLAST),发现2019新型冠状病毒和舟山蝙蝠病毒整体相似度超高,包膜蛋白(envelop protein,简称E蛋白)序列更是100%一致。

摘要引述病毒专家观点,包膜蛋白虽然结构稳定,但两种跨物种的冠状病毒要经过自然演化保持包膜蛋白完全相同,可能性几乎为零。

路德@ding_gang
Brief Summary of Evidence of Lab-Made 2019 nCoV – Gnews https://gnews.org/89737
while the other comparable conserved sequence did not change much, or even without any change (E protein)
gnews.org

2. 新型冠状病毒「刺突蛋白」受体结合域的3D结构与SARS病毒相同,人际转播力很强,其中4个关键蛋白被替换。

本月21和23日,北京军事医学科学院药理毒理研究所和中国科学院,及武汉病毒研究所P4实验室石正丽研究团队先后发表论文,提出了相似的「重大突破」,即新型冠状病毒表面的刺突蛋白与人体亲和力很强,这点跟SARS病毒非常像。(SARS病毒的结构可用下图说明。)

SARS病毒结构图。(图:Joseph S Malik Peiris, Nature Medicine/美丽日报制图)

刺突蛋白(spike protein,又称棘突蛋白、棘蛋白或S蛋白)是病毒包膜的醣蛋白,病毒就是借此构造来感染人体。研究提出,新型冠状病毒通过刺突蛋白的受体结合域(RBD)进入宿主细胞,可与人类受体「血管紧张素转换酶2」(ACE2)稳定结合,使病毒融入人体。新型冠状病毒与SARS病毒RBD的3D结构几乎相同,使之具备类似SARS的强大人际传播力。

而新型冠状病毒也替换掉了SARS病毒中刺突蛋白5个位点的氨基酸残基中的4个,这5个位点正是决定SARS病毒跨物种和人际传播的关键。

冠军的亲爹@WlKD6iuxiZqBvm7
刚谘询过专业人士
把蝙蝠病毒改造成能传人的病毒 关键就在s蛋白

s蛋白就相当于病毒进入人细胞的通行证
直接把sars的S蛋白重组给蝙蝠病毒
这样蝙蝠病毒就有了进入人细胞的通行证 就能感染人了
这是一个非常简单的实验

「证据摘要」认为,蝙蝠冠状病毒无法传给人,更不是人传人的病毒,新型冠状病毒以此为基础,结合SARS病毒中刺突蛋白的3D结构,又对其决定跨种和人际传染力的关键蛋白进行「精准替换」,这种「突变」要通过自然变异发生,基本是不可能的。香港蝙蝠生态学专家艾加里(Gary Ades)博士近日受访时也呼应了这种观点。


弗拉迪米尔.补丁@Trovatore5678 .    Replying to @GodJesusSpirit7 @ding_gang
E蛋白和S蛋白是病毒DNA链中决定畜传人,人传人的关键性的几环!病毒的DNA的变异是随机的,即便是有一只蝙蝠体内的某病毒恰巧发生了能传人的某蛋白的变异,它此时旁边必须恰好有一个人类,而恰好这只病毒又飞到了此人身上,此人恰好被感染,再恰好的是,此人身上的病毒又发生变异!(接下)


弗拉迪米尔.补丁@Trovatore5678
某决定人传人的蛋白恰好变异。此变异要发生四次而且还不变回去(不再人传人)的概率低到几乎不可能。业内人士一眼就能看出这是人工配对产生!就像亿万年中亿万棵柳树有一柳枝因意外环境因素打了一个结,这个概率很低但还是令人信服的。但是一个柳枝上同时结了四个结,你一定会得出结论:这是人力所为!

3. 新病毒测序时间超短。中国CDC于1月17日间上传对2019新型冠状病毒的第三个完整测序,距去年12月8日报导武汉首例未知病毒引起的肺炎仅过了一个月,比起2002—2003年SARS病毒测序用5个月、2014年埃博拉病毒测序用半年,时间短得惊人。且2019新型冠状病毒的基因组有29,903个碱基,多于SARS的29,727个。


LIFETIME 视界@LifetimeUSCN
新型冠状病毒爆发以来一直处于舆论漩涡的武汉中科院病毒所今天终于发声了,一开口就挺吓人:他们拿出了新型冠状病毒抗体检测试纸和三种「解药」。图像

4. 病毒样本有较新的共同祖先。美国健康类新闻网站STAT 24日报导,任职于加州病毒基因组研究机构「斯克里普斯研究所」(Scripps Research)的分子生物学家克里斯蒂安.安德森(Kristian Andersen)提示,中共提交的来自武汉、泰国、深圳等地24个样本的基因组非常一致,「显示出非常有限的遗传变异」,「表明所有这些病毒株都具有相对较新的共同祖先」。

电子显微照片,左:分离出的2019新型冠状病毒()粒子,右:人体呼吸道细胞中的2019新型冠状病毒(标有箭头)。(图:THE NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE)

希腊流行病专家:新型冠状病毒与所有冠状病毒「不协调」

就在本周二(26日),生物学论文预印本服务器BioRxiv也发表希腊的最新研究,作者是雅典大学医学院及国家公共卫生组织的5位学者。美国哈佛大学资深流行病专家费格丁(Eric Feigl-Ding)博士28日连发多条推文进行了归纳。

1)从24日《柳叶刀》发表对武汉最初41例确诊肺炎患者的观察报告来看,「华南海鲜市场」显然不是「故事的全部」。(该报告由中国、香港学者联合提交,显示最初两天确诊的4位病人中,包括第1位在内,有3位未接触过海鲜市场。)

2)该病毒不是由冠状病毒经过近期随机结合而产生的,有些部分与所有冠状病毒都「不协调」。其基因组的序列中段是以往冠状病毒中从未见过的,可「编码」侵入宿主细胞的刺突蛋白。

3)新型冠状病毒属于RNA(核糖核酸)病毒,变异非常快,费格丁说,「从深圳同一家庭6位患者中分离出的冠状病毒的RNA序列彼此都不同,表明病毒正在变异。这听上去不好,暗示了控制这种病毒的难度。」

(中科院21日的论文称,2019新型冠状病毒属于β属冠状病毒,是有包膜的单链RNA病毒,因此以无明显症状的感染更为常见。其高传播速度和高突变率,提升了冠状病毒跨物种和人际传播的风险。)

费格丁强调,他不是在主张所谓「阴谋论」——这需要证据来支持,但病毒源头确实是悬而未决的问题;他也呼吁进行更多的调查研究。


Dr. Eric Feigl-Ding@DrEricDing . Replying to @DrEricDing
8. Continuing: “Our study rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event.”—> I.e. the authors also conclude that the new #coronavirus did not originate from random recent admixture between different coronaviruses. Other possibilities of course.

Dr. Eric Feigl-Ding@DrEricDing
9. BOTTOMLINE: 1) Seafood market not the source. 2) This RNA #coronavirus mutates really fast. 3) .. has unusual middle segment never seen before in any coronavirus. 4) Not from recent mixing. 5) That mystery middle segment encodes protein responsible for entry into host cells.

澳洲分子生物学者:新型冠状病毒的主要蛋白酶与SARS病毒最接近

此外,澳洲大学分子生物科学研究院研究员史多默(Martin Stoermer)19日在化学论文预印本服务器ChemRxiv上也发表论文,题目是「2019新型冠状病毒3C样蛋白酶的同源性模型」。他发现,虽然2019新型冠状病毒的完整病毒基因组与蝙蝠冠状病毒关系最密切,但就主要蛋白酶来说,关联最密切的是SARS病毒,二者具96%同源性。

(据北京军事医学科学院与安徽医科大学2016年论文,他们首次发现冠状病毒3C样蛋白酶普遍有诱导自噬的效应,这对研究人体天然免疫、开发抗病毒药物有重要意义。)

附:2019新型冠状病毒由实验室制造的证据摘要
(英文原文刊于gnews.org,图片请点上方超链接下载PDF观看)

以南京军区疾病预防控制中心(注:对外称南京军区军事医学研究所)为主的学者,于201720182019年先后发表中英文论文,宣布在舟山蝙蝠身上发现一种新的冠状病毒,即舟山蝙蝠类SARS冠状病毒(下简称舟山蝙蝠病毒)。

这意味着舟山蝙蝠病毒仅为中方的实验室所有。这些论文阐明,舟山蝙蝠病毒具有潜在的跨物种传播能力,包括传人的能力,还强调这对公共卫生具有重要意义。由南京军区提供的某些舟山蝙蝠病毒菌株的全部基因组序列,发布在美国国立卫生院(NIH)的基因库(Genbank)中(编号MG772844至MG772934)。(图4、5)

2020年1月11日,中国疾病预防控制中心(CDC)发布了2019新型冠状病毒的完整基因组序列,并于12日上传到NIH的基因库(编号MN908947.1)。14日,CDC未做通知而替换了该序列(编号MN908947.2)。17日,第二个版本不知何故又被替换为第三个版本(编号MN908947.3)。(图6-7)

专家利用NIH提供的序列比对工具BLAST,对MN908947.2和MN908947.3完整基因组进行比对,结果显示,舟山蝙蝠病毒是已知冠状病毒中与新型冠状病毒最为接近的病毒(和MG772933 .1和MG772934 .1样本比对出的序列同源性分别为89.12%和88.65%,图8)。

对病毒系统发生树的分析表明,舟山蝙蝠病毒是2019新型冠状病毒的「最近亲」(https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov,图9)。在比对中共提交的2019新型冠状病毒的第一个版本(MN908947.1)时,其序列中存在错误,影响了结果。

就最关键的蛋白质和片段,专家对2019新型冠状病毒和基因库中所有已知冠状病毒进行了进一步的序列比对,结果仍然显示新型冠状病毒与舟山蝙蝠病毒具有最为显著的同源性(相似度)。

. 刺突蛋白(spike protein,即S蛋白),与两株舟山蝙蝠病毒菌株(MG772934.1和MG772933.1)的同源性分别为80.32%和81.00%(图10-12)。

. 核衣壳磷酸蛋白(Nucleocapsid Protein,简称NP),同源性为94.03%(图13-15)。

. 包膜蛋白(Envelope protein,即E蛋白),同源性为100%(图16-18)。

. ORF8片段(MG772933.1),同源性为94.21%(图19-20)。

. 膜糖蛋白(Membrane glycoprotein),同源性为98.65%(图21-22,MG77234.1)。

. RdRp聚合酶(或称RNA复制酶)基因,同源性为95.75%(图23-24)。

如南京军方2018年发表的英文论文(注1)所述,对不同ORF的同源性分析显示,蝙蝠冠状病毒中的ORF8片段显示出最低的同源性,与它的最近亲只有60%的同源性(与2019新型冠状病毒比对,则为94.21%,图25)。

同样,比对RdRp聚合酶(RdRp)基因的序列,采自世界各地的蝙蝠冠状病毒样本,彼此间有80%~90%的同源性,其与从人或灵猫身上提取的SARS病毒有87%~92%的同源性(与2019新型冠状病毒比对,则为95.75%)。

与突变性很高的刺突蛋白相比,包膜蛋白更为稳定(注2)。然而,跨物种的2019新型冠状病毒和舟山蝙蝠冠状病毒,经过自然演化而保持100%相同的包膜蛋白,其可能性几乎为零。

运用另一种工具Clustal Omega(注:欧洲生物信息研究所开发的「在线多序列比对排列工具」)来证实,结果表明,一株舟山蝙蝠冠状病毒(MG772933.1)的包膜蛋白与2019新型冠状病毒的同源性,比它和另一株舟山蝙蝠冠状病毒(MG772934.1)的同源性更高,达到100%(图26)。

1月21日,关于2019新型冠状病毒的首篇论文发表在中国科学院一本期刊上(《中国科学:生命科学》,注3),作者来自北京药理毒理研究所(属于军方)和中国科学院。论文提到,新型冠状病毒的天然宿主可能是某些蝙蝠(未直接提及舟山蝙蝠冠状病毒)。

论文摘要中强调研究获得了「令人惊讶」的结果:与SARS冠状病毒相比,新型冠状病毒中刺突蛋白的受体结合域(RBD)5个位点的氨基酸残基(442、472、479、487和491)中,有4个发生了变化(只有491和SARS一样),但仍维持了原来的3D结构(构象),「非常完美的」支持与人类受体ACE2分子很强的互作。这意味着新型冠状病毒可以与SARS冠状病毒相同的方式感染人体呼吸道的上皮细胞(图27)。


《中国科学:生命科学》1月21日刊发的论文截图。(原文图27)

值得注意的是,1月23日,另一篇内容相似的论文被上传到生物学论文预印本服务器BioRxiv,该论文来自武汉病毒研究所的蝙蝠和SARS冠状病毒著名专家石正丽的团队(注4)。

从去年12月底以来,很多官方新闻和低质量学术文章都提示,没有证据表明华南海鲜市场的野生动物是2019新型冠状病毒的中间宿主(稍后将有详细解释)。因此可以假设,实验室制造的新型冠状病毒,是以舟山蝙蝠冠状病毒(特别是MG772933.1)为基础,针对人体ACE2基因,与SARS冠状病毒中刺突蛋白的受体结合域(RBD)重组而来。

该病毒在实验室的有限范围内经过了体外和体内的适应与扩增,产生了具有有效受体结合域(RBD)的理想菌株——2019新型冠状病毒,而其它可比对的保守序列则变化不大,甚至没有任何变化(包膜蛋白)。

由于原种病毒在-80℃下保存在培养基中,在冰上缓慢融化可以更好地将病毒释放到环境中。

根据郭文贵先生的说法,胸腺肽(Thymosin)在中国市场上已断货。胸腺肽在治疗重症SARS和MERS冠状病毒感染的治疗中具有潜在的效用(注5)。

由疫情爆发后官方媒体报导及政府回应所获得的更多证据,没有写在这份摘要中。

原文注释

1. Hu D, Zhu C, Ai L, He T, Wang Y, Ye F, et al. Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats. Emerg Microbes Infect. 2018;7(1):154.
2. Schoeman D, Fielding BC. Coronavirus envelope protein: current knowledge. Virology journal. 2019;16(1):69.
3. Xu X, Chen, P., Wang, J., Feng, J., Zhou, H., Li, X., Zhong, W., and Hao, P. . Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission. Sci China Life Sci. 2020.
4. Zhou P, Yang X-L, Wang X-G, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. bioRxiv. 2020:2020.01.22.914952.
5. Song Z, Xu Y, Bao L, Zhang L, Yu P, Qu Y, et al. From SARS to MERS, Thrusting Coronaviruses into the Spotlight. Viruses. 2019;11(1).

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